Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Bengkalis Nomor  3 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat  Daerah Organisasi Kebupaten Bengkalis serta Peraturan Bupati Bengkalis Nomor 37 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Eselonering, Tugas, Fungsi dan Uraian Tugas Serta Tata Kerja Pada Dinas Pendidikan Kabupaten Bengkalis.

Dinas Pendidikan mempunyai tugas membantu Bupati melaksanakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah dan tugas pembantuan di bidang pendidikan serta tugas lain yang diberikan Bupati sesuai dengan perundang-undangan yang berlaku.

Unsur-Unsur Organisasi Dinas Pendidikan Terdiri dari:

1. Kepala
2. Sekretariat, terdiri atas;

1. Sub Bagian Penyusunan Program;
2. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian; dan
3. Sub Bagian Keuangan dan Perlengkapan.

3. Bidang Pembinaan PAUD dan Pendidikan Non Formal;

1. Seksi Kurikulum dan Penilaian;
2. Seksi Kelembagaan Sarana dan Prasarana; dan
3. Seksi Peserta Didik dan Pembangunan Karakter.

4. Bidang Pembinaan Sekolah Dasar (SD);

1. Seksi Kurikulum dan Penilaian;
2. Seksi Kelembagaan Sarana dan Prasarana; dan
3. Seksi Peserta Didik dan Pembangunan Karakter;

5. Bidang Pembinaan Sekolah Menengah Pertama (SMP);

1. Seksi Kurikulum dan Penilaian;
2. Seksi Kelembagaan Sarana dan Prasarana; dan
3. Seksi Peserta Didik dan Pembangunan Karakter.

6. Bidang Pembinaan Ketenagaan;

1. Seksi Pendidik dan Tenaga Kependidikan PAUD, dan Pendidikan Non Formal;
2. Seksi Pendidik dan Tenaga Kependidikan SD; dan
3. Seksi Pendidik dan Tenaga Kependidikan SMP.

7. Unit Pelaksana Teknis, dan;
8. Kelompok Jabatan Fungsional.